A Rejeição 539: Duplicidade de NF-e, com diferença na Chave de Acesso, ocorre quando uma nota fiscal enviada para a Sefaz possui exatamente o mesmo Ano, CNPJ Emitente, Modelo, Série e Nro de uma NF-e já autorizada anteriormente. Sendo assim, o emitente da NF-e não poderá gerar uma nova nota fiscal com estes mesmos campos repetidos (Ano, CNPJ Emitente, Modelo, Série e Nro).
Segue abaixo a regra de validação da Sefaz:

Exemplo:
É comum, no envio da NF-e, ocorrerem problemas de comunicação com o webservice da Sefaz. Nestes casos, pode acontecer do emitente não receber o retorno do processamento da NF-e, não sabendo se a nota fiscal foi autorizada ou rejeitada. Diante desta pendência de retorno, o emitente faz o reenvio da mesma NFe, e acaba recebendo o retorno da Rejeição 539: Duplicidade de NF-e, com diferença na Chave de Acesso.
Como resolver a Rejeição 539: Duplicidade de NF-e?
Para resolver esta rejeição 539, na hora de emitir uma nova nota fiscal, deve-se incrementar a numeração na NF-e, evitando enviar um número já enviado (repetido) para a SEFAZ.
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